Katedra i Zakład Fizjologii Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego powstały w r. 1849 i tym samym od tego czasu fizjologia stała się samodzielnym przedmiotem z własnym profesorem. Nauczanie uniwersyteckiej fizjologii lekarskiej na Wszechnicy Krakowskiej zostało zapoczątkowane już w XIV wieku i opierało się głównie na dziełach Hipokratesa, Galena i Avicenny. Po utworzeniu w r. 1602 Katedry Anatomii wykłady z anatomii obejmowały również czynności organizmu człowieka czyli fizjologię. W r. 1776 profesor Andrzej Badurski wystąpił z propozycją oddzielenia fizjologii od anatomii co było rezultatem dynamicznego rozwoju fizjologii w wyniku doniosłych odkryć fizjologicznych jakie miały miejsce w tym czasie na zachodzie Europy. Po roku 1780 wykłady z fizjologii prowadzili profesorowie; Rafał Józef Czerwiakowski, Wincenty Szaster, Alojzy Rudolf Vetter, Jan Stummer, Józef Kozłowski, Antoni Kozubowski. W latach 1780-1782 wykłady z fizjologii odbywały się w kolegium św. Barbary, które mieściło się na rogu ul. Siennej i Małego Rynku. Następnie zostały przeniesione do Collegium Physicum na rogu ul. Jagiellońskiej i św. Anny.

Od r. 1823 profesor Kozłowski rozpoczął wykłady z fizjologii jako samodzielnego przedmiotu. W r. 1835 profesorem anatomii i fizjologii został Antoni Kozubowski (1805-1880), który wykładał fizjologię do 1849 r. Prof. Kozubowski był pierwszym krakowskim profesorem, który już w roku 1835 rozpoczął przeprowadzanie eksperymentów fizjologicznych oraz wprowadził demonstracje fizjologicznych doświadczeń dla studentów medycyny. W roku 1849 na wniosek Brodowicza oddzielono Katedrę Fizjologii od Katedry Anatomii, a na profesora fizjologii zaproponowano Józefa Majera, który wcześniej wykładał dla chirurgów „instytucje lekarskie”. Prof. Majer już w 1845-1847 i w 1964 r. był dziekanem Wydziału lekarskiego, a w 1848- 1851 i 1865-1866 r. był rektorem Uniwersytetu.

W roku 1849 fizjologia zostaje ostatecznie oddzielona od anatomii i utworzono samodzielną Katedrę Fizjologii, a jej kierownikiem został profesor Józef Majer (1808-1899), który wykładał fizjologię do 1877 roku. W r. 1850 na prośbę prof. Majera Ministerstwo Oświaty przyznało pomoc finansową na zakup przyrządów do pracowni fizjologicznej i stałą dotację roczną co pozwoliło nadal rozwijać wykonywanie doświadczeń fizjologicznych i demonstracji dla studentów. W okresie germanizacji UJ, kiedy Majer odmówił wykładania w języku niemieckim pozbawiono go kierowania Katedrą, pozostawiono mu jedynie nadobowiązkowe wykłady z fizjologii. W 1854 r. Majer wydał „Fizjologię układu nerwowego”, a w 1857 r. „Fizjologię zmysłów”. W 1848 roku Majer został prezesem Towarzystwa Naukowego Krakowskiego. W latach 1872-1890 pełnił funkcję prezesa Akademii Umiejętności.

Prof. Majer wykazał wielką dbałość o rozwój Katedry Fizjologii, a jego badania naukowe cechowała duża wszechstronność. Z zakresu fizjologii ogłosił; „sposób obliczania ilości krwi u człowieka żywego”, „skutki ciśnienia powietrza na organizm”, sposób obliczania ciałek krwi”. Zajmował się również fizjologią nerwów i mięśni oraz badaniem plam krwawych. W r. 1856 profesorem fizjologii został mianowany Jan Nepomucen Czermak (1828-1873), który wykładał w języku niemieckim. Dzięki aktywności administracyjnej prof. Czermaka Zakład Fizjologii został ulokowany w kilku własnych pomieszczeniach przy ul. Wiślnej przez co stał się samodzielnym zakładem. Prof. Czermak wprowadził również systematyczne, obowiązkowe ćwiczenia praktyczne z fizjologii. Wprowadzenie tych ćwiczeń było możliwe dzięki sprowadzeniu z Wiednia niezbędnej aparatury. Prof. Czermak był wybitnym fizjologiem. W czasie pobytu w Krakowie wydał pracę pt.: „Przyczynek do znajomości tych nerwów, które mają wpływ na wydzielanie śliny” oraz wspólnie z Gustawem Piotrowskim pracę pt.: ,,O trwaniu i ilości skurczów serca z królika wyjętego”. Większość oryginalnych naukowych spostrzeżeń Prof. Czermaka miała jednak miejsce w ośrodkach zagranicznych, w których pracował po rezygnacji z pracy w Krakowie co miało miejsce w 1858 r.

Rezygnacja z kierownictwa Zakładu Fizjologii przez prof. Czermaka sprawiła, że w 1857 roku na stanowisko profesora nadzwyczajnego fizjologii powołano prof. Giuseppe Albiniego (1827-1911), który studia medyczne odbył w Mediolanie, Wiedniu i Berlinie. W 1858 r. prof. Albini został mianowany profesorem zwyczajnym i tylko przez ten rok wykładał w języku niemieckim fizjologię i prowadził ćwiczenia z tego zakresu. W czasie pobytu w Krakowie prof. Albini nie prowadził badań naukowych, ale jego dorobek publikacyjny osiągnięty zagranicą był znaczny, ponieważ wynosił ponad sto publikacji. W 1858 r. prof. Albini wyjechał z Krakowa do Włoch gdzie wykładał fizjologię na tamtejszych uniwersytetach.

Po wyjeździe z Krakowa prof. Albiniego, wykłady z fizjologii powierzono dr Gustawowi Piotrowskiemu (1833-1884), który był wcześniej prywatnym asystentem profesora Czermaka. Dr Gustaw Piotrowski został w r. 1860 mianowany profesorem zwyczajnym fizjologii i kierował Zakładem Fizjologii do r. 1884. Przez pierwsze dwa lata kierowania Katedrą przez prof. Piotrowskiego językiem wykładowym na UJ był nadal język niemiecki i dopiero w 1861 r. przywrócony został język polski. Dzięki temu wykłady z fizjologii mógł również ponownie prowadzić prof. Majer. W wyniku zmiany języka wykładowego w tym przejściowym okresie fizjologię wykładało dwu profesorów, a mianowicie prof. Majer i prof. Piotrowski. W okresie kadencji profesorskiej Piotrowskiego nabyto dla Zakładu liczne przyrządy fizyczne służące do badań fizjologicznych i unowocześnienia ćwiczeń fizjologicznych. Ponadto w r. 1866 przeniesiono Zakład Fizjologii z ciasnych pomieszczeń przy ul. Wiślnej do Collegium Physicum, które znajdowało się na ul. św. Anny. Dzięki przeniesieniu Zakładu uzyskano znacznie więcej miejsca co umożliwiło poszerzenie zakresu programowego prowadzonych ćwiczeń fizjologicznych. W tym okresie rozpoczęto również przeprowadzanie w Zakładzie Fizjologii ćwiczeń z użyciem mikroskopu i badań histologicznych.

Wyjątkowe zaangażowanie prof. Piotrowskiego w nauczanie fizjologii sprawiło, że w r. 1865 wydał podręcznik ,,Fizjologia ludzka w zarysie” tom I zawierający fizjologię czynności odżywczych. Prof. Piotrowski prowadził również badania naukowe ogłaszając kilka prac w tym: „Sposób uskuteczniania rozbiorów ilościowych za pomocą piknometrów”, „O wykazywaniu cukru gronowego w moczu prawidłowym”, „Kilka uwag nad stosunkami krążenia soków w wątrobie”, „Rozkład białka na części składowe już dawniej otrzymane z tłuszczów”, a wspólnie z Widemanem: „O przyczynach krzepnienia krwi”, „O drażnieniu nerwów z pomocą prądu elektrycznego pochodnego”, „O chyżości, z jaką się stan czynny w nerwach udziela”. Godnym podkreślenia jest fakt, że prof. Piotrowski był osiem razy dziekanem Wydziału Lekarskiego, ponadto w r. 1873 został rektorem Uniwersytetu Jagiellońskiego i również członkiem czynnym Akademii Umiejętności. Po śmierci prof. Piotrowskiego kierownictwo Zakładu objął w r. 1885 na kilka miesięcy profesor Józef Łazarski, który był profesorem farmakologii.

Zaś Rada Wydziału Lekarskiego rozpoczęła energiczne starania o znalezienie odpowiedniego kandydata dla obsadzenia zwolnionej Katedry Fizjologii. Decyzja nastąpiła szybko i w przyszłości okazała się wyjątkowo trafną. Gdy wybitni ówcześni przedstawiciele nauki, jak biochemik Marceli Nencki, histolog Henryk Hoyer, farmakolog Jan Dogiel i fizjolog Feliks Nawrocki, których zapytano o chęć objęcia tej Katedry na UJ stawiali trudne do spełnienia warunki, wybór padł na młodego 31-letniego badacza Napoleona Cybulskiego, doskonale zapowiadającego się ucznia profesora Iwana Tarchanowa, wybitnego fizjologa w Akademii Wojskowo-Medycznej w Petersburgu. Cybulski pod kierunkiem Tarchanowa nabył dużego doświadczenia w fizjologii i zamiłowania do pracy eksperymentalnej. Bardzo dobre stosunki, jakie układały się między nimi, a więc między profesorem i uczniem przekształciły się w późniejszych latach w ich dozgonną przyjaźń, która znalazła swój piękny wyraz w przyjeździe Tarchanowa do Cybulskiego i osiedleniu się na stałe w okolicy Krzeszowic koło Krakowa, co umożliwiło im bliski kontakt i dalszą współpracę naukową w Katedrze Fizjologii.

Napoleon Nikodem Cybulski (1854-1919) urodził się w Krzywonosach na ziemi wileńskiej w rodzinie ziemiańskiej. Cybulski w r. 1875 wstąpił na pierwszy kurs w Akademii Wojskowo – Medycznej w Petersburgu. W tym samym czasie na kurs trzeci w tej Akademii zapisuje się po świeżo zakończonych studiach przyrodniczych także Iwan Pawłow. Kontakt naukowy między Cybulskim i Pawłowem był od początku ożywiony, zwłaszcza że obydwaj pracowali w tym czasie nad krążeniem krwi. Jeszcze jako student Cybulski zostaje w r. 1877 asystentem. Również jako student otrzymuje złoty medal pierwszej klasy za pracę konkursową pt. „O wpływie postawy ciała na boczne ciśnienie, puls i oddychanie u zwierząt.”(pracę tę wydał także w języku polskim, gdy był już profesorem w Krakowie). Po ukończeniu studiów w r. 1880 Cybulski pozostaje nadal w Katedrze prof. Tarchanowa, jako prosektor aż do czasu przeniesienia się w r. 1885 do Krakowa. Duże uznanie i sławę w krótkim czasie, przyniosło Cybulskiemu opracowanie oryginalnego aparatu do badania prędkości ruchu krwi w naczyniach u zwierząt doświadczalnych. Przyrząd ten został nazwany przez niego fotohemotachometrem: „tachometr” przyrząd do badania prędkości przepływu, „hemo” – krwi, „foto” – gdyż zastosowano metodę fotograficzną do ciągłej rejestracji prędkości przepływu krwi na ruchomej taśmie papieru światłoczułego. Fotohemotachometr stanowił przełom w badaniach nad ruchem krwi w naczyniach – był to duży postęp w stosunku do poprzednio stosowanych, właściwie szacunkowych, metod badania prędkości ruchu krwi w naczyniach krwionośnych. Sława tego naukowego sukcesu Cybulskiego i związane z nią w dużym stopniu bardzo dobre opinie wydane o tym młodym fizjologu zarówno przez Tarchanowa, jaki Sjeczenowa, (którego późnej nazywano ojcem rosyjskiej fizjologii), spowodowały, że został on powołany na stanowisko profesora fizjologii na Uniwersytecie Jagiellońskim. Powyższe opinie zgodnie przedstawiały Cybulskiego jako bardzo utalentowanego badacza, ogromnie pracowitego, ambitnego i miłującego prawdę, po którym można się więc wiele w przyszłości spodziewać. Powołanie na Katedrę fizjologii, histologii i embriologii w Krakowie jednomyślną decyzją Rady Wydziału Lekarskiego UJ otrzymał Cybulski na krótko przed obroną swej pracy doktorskiej pt. „Badania nad prędkością ruchu krwi przy pomocy fotohemotachometru”, a która odbyła się w Petersburgu w 1885 roku. Pierwsza publikacja dotycząca tego przyrządu ukazała się już w 1883 r., a dysertacja doktorska w formie książkowej w języku rosyjskim w r. 1885. Niedługo po uzyskaniu stopnia doktora medycyny Cybulski przyjeżdża do Krakowa, gdzie obejmuje Katedrę na Uniwersytecie Jagiellońskim, którą kierował do swej śmierci w 1919 roku. W r. 1885, w którym Cybulski rozpoczął swą działalność na UJ, poza wydaną w Petersburgu wspomnianą powyżej dysertacją doktorską, opis budowy, działania i zastosowania fotohemotachometru ukazał się również po polsku w Przeglądzie Lekarskim i po niemiecku w szczególnie ważnym czasopiśmie o charakterze międzynarodowym, to jest w Archiv für die gesammte Physiologie des Menschen und der Thiere, red. Pfiüger. W roku następnym Cybulski publikuje obszerną pracę w czasopiśmie „Kosmos”, omawiając w niej dokładnie poprzednie badania innych autorów nad pomiarem ruchu krwi w naczyniach krwionośnych oraz budowę i podstawy teoretyczne działania fotohemotachometru, podając niektóre z wyników badań eksperymentalnych wykonanych przy pomocy tego przyrządu. Już w pierwszym roku kierowania przez Cybulskiego Katedrą na UJ zwracali się do niego tak wybitni badacze jak Pawłow, Nencki (późniejsi laureaci Nobla), Zaleski prosząc go o oznaczenie prędkości krążenia krwi w żyle wrotnej (m.in. w związku z badaniami nad rolą wątroby w syntezie mocznika). Cybulski dzięki zastosowaniu fotohemotachometru stał się niewątpliwym pionierem w badaniach nad krążeniem krwi. Był on pierwszym badaczem, któremu udało się przedstawić graficznie zmiany prędkości prądu krwi w różnych fazach czynności serca. Jednym z ciekawszych wyników tu otrzymanych było wykazanie, że w tętnicy szyjnej w przeciwieństwie do tętnicy udowej, prędkość prądu krwi w momencie tzw. fali dikrotycznej występującej w czasie rozkurczu serca przewyższa prędkość krwi stwierdzaną w czasie skurczu serca. Cybulski wykazał również zmiany prędkości krwi zależne od akcji oddechowej. Poza badaniami nad prędkością krwi w tętnicach w czasie akcji sercowej i oddechowej Cybulski przeprowadzał też pomiary prędkości krwi w żyłach. Starał się również wyjaśnić jaki wpływ na prędkość krwi w naczyniach krwionośnych mają czynniki farmakologiczne, nerwowe (nerwy błędne), stany asfiktyczne, postawa ciała, a także upusty krwi i infuzje krwi odwłóknionej. Cybulski badał też swym przyrządem prędkość przepływu krwi w tętnicy szyjnej wewnętrznej w warunkach ucisku mózgowego i stwierdził, że jest ona wówczas zmniejszona. W krakowskiej pracowni Cybulskiego jego uczniowie przeprowadzili szereg badań przy pomocy fotohemotachometru. Rosner przeprowadzał przy jego użyciu badania eksperymentalne nad żółtaczką ciężarnych, stwierdzając w niej znaczne zwolnienie prędkości przepływu krwi. Beck badał przepływ krwi w żyle wrotnej prowadzącej krew z trzewi do wątroby. Wahania prędkości ruchu krwi w tej ważnej żyle normalnie nie były duże, lecz wzrost prędkości następował w czasie trawienia, przy podniesieniu obwodowego ciśnienia tętniczego i przyspieszeniu akcji serca np. w duszności. Kirkor stwierdził znaczne przyspieszenie krwiobiegu krwi w mięśniach w czasie ich pracy. W roku 1943, a więc już w okresie II Wojny Światowej w niemieckim podręczniku fizjologii Landois-Rosemanna znajdujemy, opis i schemat oryginalnego fotohemotachometru Cybulskiego co dowodzi że przyrząd ten był szeroko znanym w Europie.

Po II Wojnie Światowej w Polsce rozpoczęto szersze badania przy pomocy fotohemotachometru, często w zmodyfikowanej formie w trzech ośrodkach. We Wrocławiu kontynuowano przedwojenne lwowskie badania pod kierunkiem Andrzeja Klisieckiego, a następnie jego uczniów. W Lublinie zainicjował je Wiesław Hołobut i były one kontynuacją jego wcześniejszych badań wspólnie z Klisieckim, a następnie prowadził je W. Stążka. W Krakowie kierował nimi Wincenty Wcisło. Już w początkowych latach swej działalności w Krakowie Cybulski bardzo żywo interesował się zjawiskami fizycznymi towarzyszącymi czynności mięśni i nerwów. Poza szeroko rozwiniętymi badaniami z zakresu elektrofizjologii wcześnie też poświęcił uwagę produkcji ciepła w czasie skurczu mięśniowego. Już w r. 1890 ogłasza w Biuletynie Akademii Umiejętności w Krakowie, w języku francuskim opis swego oryginalnego przyrządu dla tych badań nazwanego przez niego mikrokalorymetrem. Cybulski demonstrował swój ulepszony już przyrząd na Kongresie Lekarzy w Rzymie w 1894 roku, a w późniejszych latach tj. w r. 1910 na Międzynarodowym Kongresie Fizjologicznym w Wiedniu. W r. 1916 na krótko przed chorobą, Cybulski referował na posiedzeniu Akademii Umiejętności w Krakowie całość swych badań nad termodynamiką mięśni. „Z dziedziny termodynamiki mięśni – Zur Thermodynamik der Muskeln”. Wyniki te ukazały się w dalszej pracy ogłoszonej w Biuletynie Akademii w języku niemieckim, Cybulski podaje w niej przegląd prac różnych autorów nad termodynamiką mięśni, dokładny opis i działanie swego całkowicie zmodyfikowanego mikrokalorymetru i wyniki własnych badań nad wpływem czynników mechanicznych na termodynamikę mięśni. Cybulski poświęcił wiele pracy na wprowadzenie nowych rozwiązań dla ulepszenia metod stosowanych w eksperymentalnej fizjologii. Poza zbudowaniem swego oryginalnego aparatu do badania prędkości ruchu krwi w naczyniach krwionośnych oraz do badania produkcji ciepła w mięśniach, czynił też usilne starania dla wprowadzenia lepszych, bardziej obiektywnych i ilościowych metod w elektrofizjologii nerwów i mięśni. Powszechnie wówczas stosowano do drażnienia nerwów i mięśni podniety elektryczne (inne jak mechaniczne, termiczne, osmotyczne, chemiczne uszkadzają tkanki) uzyskiwane przy pomocy cewki indukcyjnej aparatu saneczkowego du Bois-Reymonda. Cybulski wskazywał na wady związane ze stosowaniem do drażnienia tkanek tej cewki. Występuje tu zwłaszcza trudność dokładniejszego określenia energii zastosowanej podniety elektrycznej. Z tego powodu Cybulski uznał, że znacznie lepszym sposobem jest stosowanie jako podniety prądu rozładowania kondensatora, co pozwala na ilościowe określenie siły bodźca elektrycznego. Cybulski wspólnie z młodym asystentem Zanietowskim opublikowali w r. 1891 pierwszą pracę dotyczącą zastosowania kondensatorów do pobudzenia nerwów i mięśni. W r. 1894 Cybulski i Zanietowski ogłaszają w znanym Archiv für die gesammte Physiologie obszerną (ok. stustronicową) pracę na ten temat z licznymi tablicami i wynikami pomiarów oraz z kilkoma rycinami. Cybulski używał też kondensatora do wprowadzania mięśnia również w stan skurczu tężcowego, jaki występuje w zwykłych skurczach mięśni szkieletowych. Zaprojektował w tym celu specjalny przyrząd Excitator absolutus. (excitator bo służył do ekscytacji czyli pobudzenia, absolutus – bo chodziło o stosowanie bezwzględnych ilości bodźca). Jako wspólna praca obu autorów Excitator absolutus demonstrowany był przez Zanietowskiego na VII Zjeździe Lekarzy i Przyrodników Polskich we Lwowie w r. 1895. Wcześniej już, na podobnym (VI) Zjeździe w Krakowie w 1881 r. mówił o korzyściach z zastosowania kondensatorów do drażnienia nerwów i mięśni. Niewątpliwie największym odkryciem Cybulskiego i jego ucznia Szymonowicza było wykazanie dokrewnej czynności rdzenia nadnerczy. Badania te prowadzone były w latach 1893-1896. W roku 1895 Cybulski z Szymonowicem wykazali, że wyciągi przede wszystkim z rdzenia nadnerczy powodują wzrost ciśnienia krwi u zwierząt doświadczalnych. Ponadto wykazali oni, że krew żylna wypływająca z nadnerczy zawiera ciało podnoszące ciśnienie krwi, które Cybulski nazwał nadnerczyną, a które następnie okazało się być adrenaliną. Wyniki tych badań o pierwszym poznanym hormonie nadnercza przedstawił Cybulski na posiedzeniu Akademii Umiejętności w Krakowie 4 lutego 1895 roku. Warto zaznaczyć, że w 100-lecie odkrycia adrenaliny w nadnerczach przez Cybulskiego tj. w 1995 r. , Prof. S.J. Konturek wspólnie z Prof. R. Gryglewskim zorganizowali razem z przedstawicielami Brytyjskiego Towarzystwa Fizjologicznego wspólną sesję poświęconą temu odkryciu, dowodząc, że odkrycie brytyjskie adrenaliny w nadnerczach przez G. Oliviera i E.A. Schafera w tym samym roku (1895) było zupełnie niezależne od wyników badań w tym zakresie Cybulskiego i że odkrywcy nie znali się wzajemnie. Niezwykle doniosłe odkrycia Cybulskiego dokonane wspólnie z Beckiem dotyczyły także elektrofizjologii mózgu i były związane z lokalizacją ośrodków czuciowych w korze mózgu psów i małp. Było to jedno z ważniejszych osiągnięć Cybulskiego i jego współpracowników. Wkrótce po objęciu Katedry W Krakowie, Cybulski rozpoczął starania o pozyskanie znacznie większego pomieszczenia dla Zakładu Fizjologii. W roku 1892 rozpoczęto budowę gmachu Collegium Medicum przy ul. Grzegórzeckiej 16, którą zakończono W 1895 roku. Katedra Fizjologii została umieszczona na II-gim piętrze tego gmachu, gdzie mieści się do dnia dzisiejszego. Napoleon Cybulski poza działalnością naukową opracował i wydał 4-tomowy podręcznik fizjologii, który miał 3 wydania. Ponadto Cybulski był dziekanem Wydziału Lekarskiego w latach 1827/8 i 1895/6 i rektorem UJ w r. 1904/5, zaś w roku następnym był prorektorem. Był członkiem Akademii Umiejętności. Do najwybitniejszych uczniów i współpracowników Cybulskiego należał Adolf Beck (1863-1942), który został asystentem Cybulskiego W roku 1887 jeszcze jako student medycyny. Badania naukowe Becka dotyczyły głównie neurofizjologii, a zwłaszcza metod badania elektrycznej aktywności układu nerwowego. Najważniejsza tego okresu była praca pt. „Oznaczanie lokalizacji w mózgu i rdzeniu za pomocą zjawisk elektrycznych”. Praca ta został ogłoszona w 1891 r. w Rozprawach Akademii Umiejętności w Krakowie. Wyniki tych badań pozwoliły na lokalizację ośrodków czuciowych w mózgu zwierząt i sprawiły one, że Beck jest zaliczany do pionierów elektroencefalografii. Adolf Beck prowadził również badania z zakresu fizjologii układu krążenia. W szczególności badał zmiany ciśnienia żylnego krwi w zależności od pozycji ciała, napięcia nerwu błędnego i stanu pobudzenia ośrodków naczyniowych. W roku 1894 Beck habilitował się na podstawie pracy pt. „O zmianach ciśnienia krwi w żyłach”. Badania prowadzone przez Becka w Krakowie dotyczyły również zaniku smaku i unerwienia ślinianek. Ponadto badał mechanizm śpiączki w ostrej doświadczalnej niewydolności nerek. A. Beck prowadził w Krakowie na UJ wykłady z fizjologii mózgu, rdzenia kręgowego i nerwów ruchowych oraz wspólnie z Cybulskim opracował podręcznik fizjologii, który ukazał się w 1915 r. A. Beck w roku 1895 zostaje kierownikiem Katedry Fizjologii na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu we Lwowie i w tymże roku zostaje tam mianowany profesorem. Do asystentów Cybulskiego należeli również późniejsi profesorowie; S. Maziarski, L. Wachholz, K. Klacki i wielu innych. U Cybulskiego habilitował się późniejszy profesor fizjologii Uniwersytetu Warszawskiego F. Czubalski.

Po śmierci N. Cybulskiego do czerwca 1920 r. kierownikiem zakładu był przejściowo doc. Michał Senkowski. W czerwcu 1920 r. kierownikiem Katedry Fizjologii został prof. Ernest Maydell (1878-1930), który przybył do Krakowa z Kijowa gdzie był mianowanym profesorem fizjologii. Badania profesora Maydella dotyczyły fizjologii mięśni i zjawisk zmęczenia ośrodków nerwowych oraz regulacji wydzielania gruczołów przewodu pokarmowego. W badaniach z tego zakresu prof. Maydell wykazał, że wyciągi z odźwiernikowej części żołądka po ich wstrzyknięciu podskórnym pobudzają wydzielanie żołądkowe bez równoczesnego obniżenia ciśnienia krwi. Badania te dowiodły, że czynnik pobudzający wydzielanie nie rozszerza naczyń, a więc nie jest to tzw. wazodylatyna o której potem pisał Leon Popielski, profesor farmakologii na Uniwersytecie Lwowskim, odkrywca działania pobudzającego histaminy. W 1922 r. asystentami prof. Maydella zostali Jerzy Kaulbersz, Bożydar Szabuniewicz i Bolesław Skarżyski, a w r. 1925 Mieczysław Obtułowicz. B. Szabuniewicz habilitował się w r. 1933 i zajmował się głównie elektrofizjologią. Był on również autorem „Przewodnika do ćwiczeń fizjologicznych”, który miał wiele wydań. W 1946 roku doc. Szabuniewicz wydał „Zarys fizjologii człowieka, który to podręcznik również miał wiele późniejszych wydań. W 1946 r. doc. B. Szabuniewicz został mianowany profesorem tytularnym i w 1951 r. przeniósł się z Krakowa do Gdańska, gdzie został mianowany profesorem fizjologii i kierownikiem Zakładu Fizjologii Akademii Medycznej w Gdańsku. Po śmierci Napoleona Cybulskiego w 1919 r., który pozostawił ogromną spuściznę naukową w zakresie hemodynamiki, elektrofizjologii i endokrynologii, prace badawcze kontynuowali jego uczniowie Adolf Beck w dziedzinie elektrofizjologii jako kierownik Katedry Fizjologii Uniwersytetu Lwowskiego i Emest Maydell (1878-1930) na Katedrze Fizjologii UJ, u którego habilitował się i pełnił po nim obowiązki kierownika Katedry Jerzy Kaulbersz (1891- 1986).

Jerzy Kaulbersz urodził się w 1891 r. w Kaliszu. Ojciec Tadeusz był adwokatem, a jego siostra Hanna Kaulbersz-Marynowska była znanym profesorem pediatrii w Warszawie, gdzie zmarła w 1962 r, Prof. Kaulbersz ożenił się z Zofią Markiewicz, która zmarła nagle w Paryżu, gdzie przebywała wraz z mężem uczestniczącym w XXVII Kongresie Międzynarodowej Unii Nauk Fizjologicznych. Przed przyjazdem do Krakowa J. Kaulbersz uczęszczał do szkoły średniej w Kaliszu, ale wskutek strajku szkolnego opuścił Kalisz, udając się w samodzielną podróż do Jałty, gdzie w 1908 r zdał egzamin dojrzałości i w tym samym roku przeniósł się do Monachium, rozpoczynając studia przyrodnicze na Uniwersytecie w Monachium, zakończone pracą doktorską w 1911. Stopień doktora filozofii naturalnej uzyskał we Fryburgu w 1912 r., gdzie kontynuował badania nad zmysłami stawonogów we Fryburgu i Tubindze, rozpoczynając jednocześnie studia medyczne. Gdy wybuchła I wojna światowa J. Kaulbersz przenosi się do Krakowa, pracując jako medyk w krakowskich szpitalach, a potem w latach 1915-1918 jako pomocnik lekarski na oddziale urazów nerwowych w Wiedeńskiej Klinice Chirurgicznej, pod kierunkiem Ottona Eiselsberga, prowadząc badania nad zaburzeniami czucia i pobudliwości nerwowej i mięśniowej u chorych z uszkodzonym rdzeniem kręgowym. Po zakończeniu wojny wraca do Krakowa, gdzie kończy Wydział Lekarski UJ, uzyskując w 1920 r. tytuł doktora wszech nauk lekarskich. Po zwolnieniu ze służby wojskowej w 1921 r. obejmuje stanowisko asystenta w Zakładzie Fizjologii kierowanym przez prof. Emesta Maydella. Habilitował się z fizjologii w 1930 r. na podstawie pracy „O wpływie układu nerwowego na stężenie jonów wodorowych we krwi, moczu i sokach trawiennych”, a po śmierci Maydella przejął obowiązki kierownika Zakładu Fizjologii, obejmując w 1933 r. obowiązki dyrektora Zakładu Fizjologii UJ i uzyskując w 1934 r. nominację na profesora UJ. Wybuch II wojny światowej zastał J. Kaulbersza w czasie jego zwiedzania ośrodków medycyny teoretycznej w USA i tam pozostał do 1947 r., pracując jako fizjolog w laboratorium doświadczalnym Kliniki Chirurgicznej na Uniwersytecie Wayne w Detroit. W tym czasie prowadził badania gastroenterologiczne, zajmując się głównie czynnikami wpływającymi na motorykę i kwaśność żołądkową oraz na wrzody trawienne. Pobyt J. Kaulbersza W USA pozwolił mu nie tylko wykonać kilka prac opublikowanych W czasopismach amerykańskich, ale poznać ówczesnych wybitnych fizjologów USA, zwłaszcza Dr A. Ivy i Dr M.I. Grossmana, z którymi utrzymywał kontakty naukowe. W działalności J. Kaulbersza można wyróżnić dwa główne kierunki badawcze, a to 1. fizjologia trawienia, i 2. fizjologia wysokogórska i związane z nią fizjologia lotnicza i kosmiczna. Fizjologią trawienia zaczął się interesować jeszcze pracując pod kierunkiem prof. E. Maydella, badając wpływ nerwów autonomicznych na wydzielanie żołądkowe i trzustkowe pobudzane przy pomocy wstrzykiwanego wyciągu ze śluzówki jelitowej, czyli sekretyny. Najważniejsze prace gastrologiczne J. Kaulbersza dotyczyły czynników hamujących wydzielanie żołądkowe tj. urogastronu i enterogastronu. Obie prace zostały wykonane wspólnie ze Stanisławem J. Konturkiem, asystentem Katedry Fizjologii od 1954 r. – jeszcze studentem medycyny) i ukazały się w najbardziej renomowanym czasopiśmie amerykańskim Gastroenterology i są szeroko cytowane. W pracy nad urogastronem, którym później okazał się nabłonkowy czynnik wzrostu naskórka (Epidermal Growth Factor – EGF) wytwarzany głównie przez ślinianki, ale także przez błonę śluzową żołądka i jelit oraz trzustkę, a wydalany z moczem wykazano, że jest on silnym czynnikiem hamującym sekrecję kwasu solnego w żołądku zwierząt i że jego hamowanie zależy od nadnerczy, których usunięcie powoduje zmniejszenie aktywności hamującej urogastronu. W pracy nad enterogastronem dowiedziono, że substancja ta jest uwalniana przez początkowy (górny) i obwodowy (dolny) odcinek jelita cienkiego. Dokładniejsze określenie charakteru chemicznego i mechanizmu uwalniania tych czynników stało się możliwe dopiero po wykorzystaniu w drugiej połowie lat 90-tych biochemicznych metod wykrywania i otrzymywania tych czynników. Drugą po gastroenterologii dziedziną zainteresowań J. Kaulbersza była medycyna wysokogórska i lotnicza. W wyniku obserwacji fizjologicznych z wypraw alpejskich na Mont Blanc, a w r. 1932 na Monte Rosa, opublikował prace dotyczące zmęczenia i gospodarki wodno-elektrolitowej oraz równowagi kwasowo-zasadowej u osób przebywających w górach i na nizinach. Szczególnie interesujące były prace nad wpływem obniżonego ciśnienia atmosferycznego na zmiany we krwi. Wykazał, że zwiększona liczba erytrocytów we krwi w klimacie wysokogórskim była częściowo następstwem ich zwiększonej produkcji w szpiku i częściowo wzrostu ich oporności na czynniki osmotyczne. Wykorzystując „barokamerę” będącą na wyposażeniu Zakładu, pozwalającą na obniżenie w niej ciśnienia do % atmosfery, potwierdził wpływ obniżonego ciśnienia atmosferycznego na erytropoezę, a także zawartość potasu i cholesterolu w krwinkach czerwonych. J. Kaulbersz bardzo często wyjeżdżał na kongresy naukowe dotyczące fizjologii i gastroenterologii i zwykle brał w nich czynny udział. W kraju założył Krakowski Oddział Polskiego Towarzystwa Fizjologicznego i był jego wieloletnim przewodniczącym. W 1981 r. otrzymał honorowe członkostwo wraz z medalem N. Cybulskiego a ponadto był aktywnym członkiem Polskiego Towarzystwa Gastroenterologii i Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Kopernika. Był jednym z nielicznych w Polsce członków Amerykańskiego Towarzystwa Fizjologicznego (American Physiological Society) oraz otrzymał godność doktora honoris causa Akademii Medycznej w Krakowie. Współpracownikiem J. Kaulbersza, był Wincenty Wcisło, który doktoryzował się w 1945 r. na podstawie rozprawy „Wpływ masek przeciwgazowych na przemianę oddechową i objętość minutową serca”, a w 1955 r. przyznano mu stanowisko docenta przy tej Katedrze Fizjologii. W. Wcisło zajmował się głównie badaniami układu sercowo-naczyniowego u ludzi i rozwijał nowe techniki badań laboratoryjnych u psów zwłaszcza w odniesieniu do pomiaru tętniczych i żylnych ciśnień małego i dużego krążenia, wyrzutu sercowego i przepływu krwi w tętnicach wieńcowych i kończynowych oraz ciśnień oddechowych w klatce piersiowej. Do ważniejszych jego osiągnięć należałoby zaliczyć prace na temat sercowego i naczyniowego czynnika w rozwoju wstrząsu oraz pomiaru wieńcowego przepływu we krwi żylnej i tętniczej u zwierząt bez otwierania klatki piersiowej. Jeżeli do tych pomiarów włączyć stopień wysycenia tlenem krwi żylnej pobieranej z zatoki wieńcowej, to można było w przybliżeniu ocenić zużycie tlenu przez mięsień sercowy i efektywną pracę mechaniczną oraz wydajność pracy serca w warunkach fizjologicznych, np. w czasie wysiłku fizycznego (biegu) badanych zwierząt na specjalnej bieżni. W. Wcisło opracował oryginalną metodę doświadczalnego wywoływania ostrej niewydolności wieńcowej przy użyciu specjalnego mikrokatetera z balonikiem, wprowadzanym do tętnicy wieńcowej i wypełnianym solą fizjologiczną. Stosując różne leki próbował weryfikować skuteczność tych leków w ograniczaniu skutków tej ostrej niewydolności wieńcowej u zwierząt. Szczególną domeną zainteresowań W. Wcisło było przygotowanie kilku filmów dotyczących fizjologii krążenia dla celów dydaktycznych. Do bliskich współpracowników J. Kaulbersza należy zaliczyć również T. Radeckiego, który doktoryzował się w 1950 r. z fizjologii trawienia na temat wywoływania ostrych uszkodzeń śluzówki żołądka przez podwiązywanie odźwiernika u szczurów. Pracował jako adiunkt przez blisko 20 lat, zajmując się między innymi rozwojem różnych typów wrzodów trawiennych u szczurów i sposobem ich zapobiegania. W 1966 r otrzymał tytuł docenta, a w 1978 – profesora fizjologii. W 1986 r. powierzono mu stanowisko Kierownika Katedry Anatomii AM i na tym stanowisku rozwijał nauczanie anatomii czynnościowej.

W roku 1969 utworzono w miejsce Katedry Fizjologii Instytut Fizjologii, złożony z trzech zakładów: Fizjologii Klinicznej, kierowanej przez prof. S.J. Konturka, Fizjologii Doświadczalnej, kierowanej przez doc. W. Wcisło i Zakładu Biofizyki, kierowanego przez prof. R. Bilskiego. Zakłady Fizjologii Klinicznej i Doświadczalnej prowadziły zajęcia dydaktyczne z fizjologii, a Zakład Biofizyki – z biofizyki dla studentów medycyny, stomatologii i farmacji Akademii Medycznej. Naukowo pierwszy z Zakładów zajmował się gastroenterologią kliniczną i doświadczalną, drugi – układem krążenia, a trzeci wpływem czynników środowiskowych np. hipoksji na wydzielanie i wrzody trawienne u zwierząt doświadczalnych. Istotnym problemem było wówczas pozyskanie środków finansowych na zaopatrzenie w nowoczesną aparaturę, odczynniki i zagraniczną prasę fizjologiczną dla nowoutworzonych zakładów. Wielce pomocnym w tym względzie był stosunkowo duży grant przyznany przez National Institute of Health, Bethesda, USA na „ustabilizowanie pozycji naukowej” prof. S.J. Konturka, który to grant otrzymał na okres 3 lat po odbyciu w latach 1955/56 stażu podoktorskiego NIH w Zakładzie Fizjologii UCLA w Los Angeles, Kalifornia. Dzięki temu grantowi udało się, pomimo braku dewiz, wyposażyć Zakłady Instytutu w niezbędną do badań fizjologicznych aparaturę (spektroskopy, pH-metry z urządzeniami do automatycznego miareczkowania, endoskopy, liczniki beta i gamma i poligrafy). Dzięki wspomnianym środkom grantu NIH oraz pomocy finansowej przemysłu metalurgicznego (Nowa Huta), udało się S.J. Konturkowi utworzyć i uruchomić Pracownię Izotopową kierowana przez znakomitego chemika Dr. W. Bielańskiego, dzięki której wdrożono technikę radioimmunologicznego oznaczania hormonów i neurohormonów głównie przewodu pokarmowego, a w ostatnich latach także testy oddechowe z użyciem znakowanego l3C i l4C-mocznika. Poza Pracownią Izotopową utworzono Pracownię Gastroenterologii Klinicznej obejmującą Pracownię Endoskopii, Pracownię Ultrasonografii oraz Biologii Molekularnej pozwalającą na oznaczanie ekspresji genowej i zawartości różnych czynników neurohormonalnych w tkankach przewodu pokarmowego u zwierząt i u ludzi, szczególnie z wrzodem i rakiem żołądka. Za przyznane środki z NIH można było także opłacić niezbędne odczynniki, dokonywać zakupów czasopism fizjologicznych i odbywać podróże celem udziału w międzynarodowych kongresach fizjologicznych i gastroenterologicznych. S.J. Konturek, jako visiting professor, co drugi rok wyjeżdżał zagranicę m.in. do Ośrodka Badań nad Wrzodem (CURE, Los Angeles), Department of Physiology University, Oklahoma City, Department of Gastroenterology, University of Texas w Galvestone, Department of Physiology, University of Missouri, Columbia, Department of Bioscience of Upjohn Co, Kalamazoo, Department of Physiology, Mt Sinai Medical School, New York, i Department of Physiology, Rochester University, NY. Wyjazdy te, trwające 6-8 miesięcy pozwalały na nawiązanie kontaktów naukowych, zapoznanie się z aktualną problematyką badawczą wiodących ośrodków w USA, poznanie sposobów i zakresu nauczania fizjologii, i co ważne, znalezienie miejsca na staże podoktorskie dla wybijających się pracowników naukowych Instytutu Fizjologii. Na tej zasadzie znaleźli możliwości odbywania stażów doktorzy; W.W. Pawlik, P. Thor, A. Dembiński, J. Jaworek, K. Waluś, T. Brzozowski, J. Bilski, J. Świerczek, W. Bielański i J. Majka. Powracający po l-2 letnim pobycie w ośrodkach pracownicy naukowi wnosili do Instytutu nowe metody badawcze i rozwijali wyuczone w USA nowoczesne podejście do pracy naukowej i dydaktycznej. Z każdym rokiem rosła też liczba prac naukowych rozwijanych w Instytucie i publikowanych w czasopismach fizjologicznych i gastroenterologicznych o najwyższym standardzie naukowym, jak: Am. J. Physiology, Gastroenterology, Gut, Scand. J. Gastroenterology, Dig. Dis Sci., Digestion i inne. Nawiązana została współpraca naukowa z CURE, Los Angeles, Department of Gastroenterology Galvestone, Department of Endocrinology, New Orleans, Department of Physiology Cincinnati i Oklahoma City I inne. W latach 70-tych i 80-tych, wobec braku dewiz, współpraca z wymienionymi ośrodkami była też źródłem zaopatrzenia w odczynniki i inne pomoce naukowe. Wraz z utworzeniem przy Komitecie Badań Naukowych (KBN) systemu grantów, powstały w Instytucie większe zespoły realizujące wieloletnie programy badawcze w zakresie badań nad neurohormonalną kontrolą wydzielania żołądkowego i trzustkowego oraz motoryki żołądkowo-jelitowej kierowane przez S. J. Konturka. Badania nad patomechanizmem doświadczalnych wrzodów trawiennych prowadził S.J. Konturek wspólnie z prof. T. Radeckim i T. Brzozowskim. Problematyka krążenia trzewiowego i jego kontroli neuro-hormonalnej zajął się zespół kierowany przez prof. W. Pawlika, współpracującego ściśle z dr E.D. Jacobsonem z Zakładu Fizjologii Uniwersytetu w Cincinnati, Oklahoma City i Houston. Wydzielaniem trzustkowym in vivo zajmowali się prof. A. Dembiński (po odbyciu stażu w Houston pod kierunkiem prof. L.R. Johnsona), a badaniami in vitro prof. J. Jaworek, po odbyciu stażu podyplomowego w Department of Endocrinology, kierowanym przez prof A.V. Schallyego i Department of Physiology, University of Columbia, kierowanym przez prof. T.E. Solomona. Publikacje licznych prac z zakresu gastroenterologii zwłaszcza endoktynologii, neurofizjologii i motoryki układu trawienia poprzedzały zorganizowane w Krakowie przez S.J. Konturka liczne kongresy i sympozja o zasięgu krajowym i międzynarodowym. W Krakowie odbyły się m.in. Kongresy: Europejskiego Towarzystwa Endokrynologii Układu Trawiennego w 1974 r., Europejskiego Towarzystwa Motorycznego w 1979 r., Europejskiego Towarzystwa Pankreatologicznego w 1981 r. Przedmiotem sympozjów o zasięgu międzynarodowym w latach 1993, 1995 i 1997 były problemy związane z odkryciem bakterii Helicobacter pylori i udziałem infekcji w patofizjologii żołądka i układu trawiennego. Problemy związane z funkcjonowaniem osi jelitowo-mózgowej (Brain-gut Axis) były omawiane na 3 sympozjach międzynarodowych w latach 90. Ważnym dla krakowskiej fizjologii wydarzeniem było zorganizowanie w Krakowie przez S. Konturka XXI Kongresu Polskiego Towarzystwa Fizjologicznego z udziałem międzynarodowym w 1990 r., w czasie którego wszystkie prace były przedstawione w języku angielskim i na którym powołano w miejsce poprzedniego Acta Physiologica Polonica angielskojęzyczny Journal of Physiology and Pharmacology z zespołem redakcyjnym z prof J. Bugajskim jako redaktorem naczelnym. Czasopismo dzięki wprowadzeniu dokładnej oceny merytorycznej przez krajowych i zagranicznych recenzentów stopniowo uzyskiwało coraz wyższy poziom i tzw. „impact factor”, zajmując ostatecznie pierwsze miejsce wśród krajowych czasopism naukowych, stanowiąc doskonałą wizytówkę Polskiego Towarzystwa Fizjologicznego (PTF). Aktualny impact factor wynosi ponad 3,0. Poza regularnymi numerami w czasopiśmie ukazywały się zwykle 4-6 suplementy przedstawiające prace Kongresów i Sympozjów organizowanych przez PTF. Prof. S.J. Konturek był przez dwie kadencje prezesem PTF, a obecnie ponownie został wybrany prezesem tego Towarzystwa. Prof. S.J. Konturka przekraczająca 15000 za okres ostatniego 10-lecia. Poza działalnością ściśle naukową, prof. S.J. Konturek jest samodzielnym autorem 8-miu wydań podręcznika „Fizjologia Człowieka” dla studentów medycyny, obejmującego obecnie 6 tomów w tym; Fizjologię Ogólną, Neurofizjologię, Fizjologię Krwi i Krążenia, Fizjologię Oddychania, Nerek i Płynów Ustrojowych, Fizjologię Trawienia i Endokrynologię oraz współautorem „Fizjologii Człowieka” wydanej pod redakcją prof. W. Traczyka i Trzebskiego. Jest autorem wydanej już 3-krotnie „Fizjologii Układu Trawiennego” w języku polskim jeden raz i jednej w języku niemieckim. Jest ponadto głównym redaktorem 10 wydań podręcznika „Gastroenterologii Klinicznej”, a w ostatnim 10-leciu także dwu wydań „Gastroenterologii i Hepatologii Klinicznej”. Za swoją działalność naukową prof. S.J. Konturkowi i kierowanemu przez niego zespołowi przyznawano niemal corocznie nagrody Ministra Zdrowia i Oświaty oraz nagrodę Fundacji na Rzecz Rozwoju Nauki Polskiej, Nagrodę A. Jurzykowskiego i Laur Jagielloński. Od 1980 r. jest członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk i członkiem czynnym Polskiej Akademii Umiejętności. Polskie Towarzystwo Fizjologiczne przyznało mu w 1990 r. godność członka honorowego i medal Napoleona Cybulskiego. Jest członkiem honorowym Polskiego, Czeskiego, Skandynawskiego, Niemieckiego i Brytyjskiego Towarzystwa Gastroenterologii i wchodzi w skład zespołów redakcyjnych takich czasopism jak Gastroenterology, Digestion, Scandinavian Journal of Gastroenterology, Gut, American Journal of Clinical Gastroenterology i Journal of Physiology and Pharmacology (przewodniczący zespołu redakcyjnego). Prof. S. Konturek wyszkolił w zakresie fizjologii 33 roczniki studentów medycyny, był opiekunem 45 doktorów medycyny i pod jego kierunkiem 12 osób uzyskało stopień doktora habilitowanego, a 6 tytuł profesora. Jako dziekan Wydziału lekarskiego w latach 1993-96 i rektor ds. Collegium Medicum w latach 1996-1999 utworzył i rozwinął Angielskojęzyczną Szkołę Medyczną dla Obcokrajowców oraz otworzył pierwszy w kraju Wydział Lekarski Wieczorowy przy Wydziale Lekarskim UJ. Posiada oznaczenia państwowe w postaci Krzyża Kawalerskiego i Oficerskiego oraz Zasłużonego dla Ziemi Krakowskiej. Prof. S.J. Konturek funkcję Kierownika Katedry Fizjologii Collegium Medicum UJ pełnił do roku 2002.

Od roku 2002 Kierownikiem Katedry Fizjologii Collegium Medicum UJ jest prof. Wiesław W. Pawlik, który już od roku 1985 pełni funkcje Kierownika Zakładu Fizjologii Doświadczalnej Katedry Fizjologii CMUJ. Prof. W. Pawlik był przez dwie kadencje (1996- 2002) Prezesem Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Fizjologicznego, a obecnie jest wybrany Prezesem elektem tego Towarzystwa na następną kadencję. Ponadto jest zastępcą Redaktora naczelnego czasopisma Journal of Physiology and Pharmacology. Jest członkiem korespondentem Polskiej Akademii Nauk oraz czynnym członkiem Polskiej Akademii Umiejętności. Jest również członkiem wielu zagranicznych Towarzystw naukowych w tym Amerykańskiego Towarzystwa Gastroenterologicznego. Prof. W. Pawlik za działalność naukową wielokrotnie otrzymał nagrody; Ministra Zdrowia, Ministra Edukacji i Sportu, Polskiej Akademii Nauk oraz „Laur Jagielloński”. Prof. W. Pawlik przez dwie kadencje (1990-1996) pełnił funkcje Prodziekana ds. stopni i tytułów naukowych Wydziału Lekarskiego UJ CM, w latach 1996-2002 był Dziekanem tego Wydziału, następnie w latach 2002-2005 był Pełnomocnikiem Rektora UJ ds. dydaktyki i współpracy zagranicznej w Collegium Medicum, a od 2005 roku jest Prorektorem UJ ds. Collegium Medicum.

Od roku 2009 Kierownikiem Katedry Fizjologii Collegium Medicum UJ jest prof. Tomasz Brzozowski.